Kiljuhanhi on uusimman luokituksen mukaan koko maailmassa kriittisesti uhanalainen laji. Sen kannaksi arvioidaan enää noin 10-20 % alkuperäisestä, tarkemmin sanoen 8 500-17 000 lintua kesän poikaset mukaan lukien. Kiljuhanhet ovat vähentyneet kaikkialla, mutta suhteellisesti eniten Pohjoismaissa. Nykyisen kannan toinen puoli, nimittäin Itä-Siperian hanhet talvehtivat Kiinassa. Pääosa toisesta puoliskosta eli noin 10 000 lintua talvehtii Kaspianmeren ja Mustanmeren alueella.
Syitä kiljuhanhen vähentymiseen on useita. Kaspianmeren veden pinnan taso on vaihdellut 1900-luvulla noin kolme (3!) metriä. Rantaniittyjä muutettiin Neuvostoliiton aikana puuvillapelloiksi, väestö on kiljuhanhen talvehtimisalueilla lisääntynyt, ja luonnontilaiset alueet ovat vähentyneet. Öljy- ja kaasuteollisuus laajenee Kaspianmeren alueella ja uhkaa talvehtivien vesilintujen parhaita talvehtimispaikkoja.
Suurin yksittäinen tekijä on kuitenkin voimakas metsästys sekä keväällä että syksyllä kaikkialla kiljuhanhien pesimä-, muutto- ja talvehtimisalueilla. Länsi-Siperian ja osin Pohjolan kiljuhanhien tärkeimmässä muuttoetappimaassa, Kazakstanissa, on hanhien kevätmetsästys sentään lopetettu 1990-luvun lopussa, mutta Venäjällä se jatkuu edelleen. Kiljuhanhen erottaminen muista hanhilajeista, erityisesti tundrahanhesta (Anser albifrons) on metsästäjille vaikeaa. Lisäksi salametsästys on yleistä jopa luonnonsuojelualueilla. Myös Kiinassa on salametsästys saanut huolestuttavat mittasuhteet.
Pohjolan kymmentuhantisesta kiljuhanhikannasta on jäljellä enää puolisen sataa yksilöä Pohjois-Norjassa. Ruotsista kiljuhanhi ehti välillä jo kadota kokonaan ja nykyinen kanta, joka on samaa suuruusluokkaa kuin Norjassa,, on peräisin Dr. Lambart von Essenin työryhmän vuodesta 1981 alkaen toteuttamista istutuksista. Suomessa viimeisin kiljuhanhen pesintä on todettu vuonna 1995. Hailuodon ja Liminganlahden kautta keväisin muuttavat muutamat kymmenet kiljuhanhet kuuluvat Norjan kantaan. Nämä linnut talvehtivat Balkanilla, missä niitä on eniten havaittu Evrosjoen suistossa ja Kerkinin järvellä Kreikassa.
Suomen Lapissa kiljuhanhen menestymisen uudeksi uhkaksi on noussut viimeisten 10 vuoden aikana voimakkaasti kasvanut kettukanta. Tätä on kiihdyttänyt porojen teurastuksen keskittyminen, joka on helpottanut teurasjätteiden saatavuutta ketuille. Lisäksi ylisuuri porokanta on kuluttanut kiljuhanhelle soveliaiden biotooppien kasvipeitettä. Porotalouteen ja erityisesti virkistyskalastukseen liittyvä maastoajoneuvojen ja vesitasolentokoneiden käyttö on tehnyt etäisimmätkin erämaan kolkat Pohjois-Lapissa rauhattomiksi.
Kiljuhanhien istutukset Suomen Lappiin on toistaiseksi keskeytetty, koska ne eivät onnistuneet toivotulla tavalla. Lintuja vietiin maastoon noin 150, mutta yhtään istukaslinnun pesintää ei ole todettu Suomessa. Kun istutukset aloitettiin Suomessa vuonna 1989, luonnon kanta oli huvennut jo niin vähiin, että istukaslinnut eivät enää löytäneet luonnon kantaan kuuluvia kiljuhanhia matkaoppaiksi Kazakstanin kautta kulkevalle muuttoreitille. Istukaslinnut muuttivat sen sijaan lounaaseen ilmeisesti metsähanhien mukana, ja talvihavaintoja niistä tehtiin mm. Hollannista, Englannista ja jopa Etelä-Espanjasta. Tarhaemojen istutus Lappiin poikastensa kanssa aiheutti lisäksi, että menetettiin kantaemoja ja istukaslintujen määrä jäi liian vähäiseksi.
Ruotsissa on saatu syntymään pieni pesivä kiljuhanhikanta - on todettu jo yli 30 istukaslintujen pesintää. Tähän on päästy käyttämällä sijaisemoina turvallisen muuttoreitin Hollantiin talvehtimispaikalle tuntevia valkoposkihanhia. Kiljuhanhen poikasia on tähän mennessä istutettu Ruotsiin noin 350. Hollannissa on kaikkien hanhien metsästystä rajoitettu ja ruotsalaisista istukaslinnuista liki 80 % on palannut ensimmäisen talven jälkeen takaisin Ruotsin Lappiin istutuspaikalle. Vanhempana muuttomatkat onnistuvat vielä paremmin. Ruotsin istukaskannan kasvu on kuitenkin kovin hidasta, sillä kiljuhanhen poikasia on vuosittain syntynyt Öster-Malman tarhalla vain 20-30. Yhdistämällä Hämeenkosken ja Öster-Malman voimat voidaan Ruotsin istukkaiden määrä kaksinkertaistaa ja nopeuttaa Ruotsin kannan kasvua.
Vuodesta 1998 alkaen on Suomessa keskusteltu tarhalintujemme geeniperimän soveltuvuudesta istutuksiin. Oulun yliopiston geneetikot Jaakko Lumme ja Minna Ruokonen ovat todenneet, että kiljuhanhen mitokondriaalisessa dna:ssa voidaan havaita vaihtelua lajin levinneisyysalueen eri osista otettujen lintujen näytteissä. Muutamassa tarhalinnussa todettiin myös merkki varhaisemmasta sekoittumisesta tundrahanheen, johon kiljuhanhi tosin risteytyy luonnossakin. (Ks. ym. risteymäluettelo.) Villiä kantaa edustavien emojen ottaminen kasvatustarhoihin olisi suotavaa, mutta pohjoismaisia lintuja ei ole enää saatavissa ja Venäjältäkin niiden hankkiminen on vaikeaa ja ainakin hyvin kallista - tarvitaan mm. paljon helikopteriaikaa. Belgiassa 2000, Eestissä 2001 ja uudelleen Espanjassa 2002 pidetyissä Wetlands Internationalin kiljuhanhityöryhmän kokouksessa hyväksyttiin kiljuhanhen tarhaus ja tarhalintujen genetiikan tutkimus priorisoitujen suojelutoimenpiteiden listalle. Suomen linnut on nyttemmin tutkint tohtori Marina V. Kholodova (A.N.Severtsov Institute of Ecology and Evolution , Venäjän Tiedeakatemia, Moskova). Tutkimusraportti on englanninkielellä tässä linkissä. Vastaava ruotsalainen selvitys on viivästynyt , mutta senkin tulokset julkaistaneen lähiaikoina. Ruotsissa istutuksia on päätetty jatkaa, mutta sopivien lintujen valinta on kesken. Periaatekeskustelua käydään eri maissa siitä, pitäisikö Skandinaviaan istuttaa lintuja, joiden kaikki geenit eivät ehkä ole täsmälleen samoja kuin alkuperäisen skandinaavisen kannan.Saksalainen hanhitutkija Johan Mooij on todennut, että samanlaista keskustelua käytiin jo vuonna 1981 Slimbridgessä pidetyssä hanhitutkijain kokouksessa, kun Lambart von Essen ilmoitti aloittavansa kiljuhanhen istutukset Ruotsissa. Saksassakin valmisstellaan kiljuhanhien istutusprojektia.
Juuri nyt on tärkein tehtävämme huolehtia vastuullamme olevien hanhien hyvinvoinnista. Hämeenkosken tarhalla on liki kolmasosa maailman eläintarhojen kiljuhanhista; enemmän kuin Öster-Malmassa Ruotsissa. Nämä linnut muodostavat ainutlaatuisen geenipankin ja ainoan suhteellisen varman turvan kiljuhanhen sukupuuttoa vastaan. Älköön kiljuhanhi kokeko siivettömän ruokin, muuttokyyhkyn ja drontin kohtaloa!