Käännetty ohjelma ajetaan käyttöjärjestelmästä riippuen yleensä kirjoittamalla ohjelman alkuperäinen nimi. Tällöin käyttöjärjestelmän lataaja- ohjelma lataa ohjelman konekielisen version muistiin ja siirtää prosessorin ohjelmalaskurin ohjelman ensimmäisenä suoritettavaksi tarkoitettuun käskyyn. Vielä tässäkin vaiheessa osa aliohjelmakutsujen osoitteista voidaan muuttaa vastaamaan sitä todellista osoitetta, johon aliohjelma muistiin ladattaessa sijoittui. Tämän jälkeen vastuu koneen käyttäytymisestä on ohjelmalla. Onnistunut ohjelma päättyy aina ennemmin tai myöhemmin käyttöjärjestelmän kutsuun, jossa ohjelma pyydetään poistamaan muistista.
Javan tapauksessa ajaminen suoritetaan antamalla .class tai .jar tiedosto Java-virtuaalikoneelle ( Java Virtual Machine, JVM). Esimerkkimme tapauksessa komennolla
java Hello
Jos luokasta Hello löytyy julkinen luokkametodi (staattinen metodi) nimeltä main, niin ohjelman suoritus aloitetaan siitä. Mikäli metodia ei löydy, tulee virheilmoitus:
Exception in thread "main" java.lang.NoSuchMethodError: main
