³⁹Käyttäjän ohjelmien lisäksi myös käyttöjärjestelmän koodia voidaan ajaa eri prosesseissa, joista kukin hoitaa jotakin tiettyä tehtävää. Käyttöjärjestelmän prosessit voivat tapahtua prosessorin ollessa käyttöjärjestelmätilassa tai sitten käyttäjätilassa tasa-arvoisesti käyttäjän ohjelmien kanssa. Jälkimmäinen mahdollistaa hienojakoisemmat suojaukset ja käyttöoikeudet käyttöjärjestelmän osioiden välille.